1968 yılında Sivas’ta doğdu. 1992 yılında Gazi Üniversitesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi Kamu Yönetimi Bölümü’nden mezun oldu.

1994 yılında Başbakanlık Devlet Personel Başkanlığında Devlet Personel Uzman Yardımcısı olarak memuriyete başladı. 1997 yılında “Devletin Yeniden Yapılanması” çalışmaları kapsamında kamu yönetimine yeni bir model önerisini de içeren “Türkiye’de Merkezi İdarenin Teşkilat ve Görevleri” konulu uzmanlık tezini hazırlayarak Devlet Personel Uzmanlığına atandı.

2002 yılında Kamu İhale Kurumu’nda, kurumun kuruluş, insan kaynakları, organizasyon ve kamu ihale ikincil mevzuat çalışmalarını başlatmak ve yürütmek üzere görevlendirildi. Bu çalışmaları tamamladıktan sonra aynı yıl “Kamu İhale Uzmanı” olarak atandı. 2004 yılında İngiltere’de Nottingham Üniversitesinde, 2006 yılında ise İtalya’da Avrupa Birliği ihale uygulamalarına yönelik eğitimlere katıldı. Kamu İhale Kurumuna ihalelere ilişkin olarak yapılan 400’ün üzerinde şikâyeti inceleyerek sonuçlandırdı.

27.09.2007 tarihinde Enerji ve Tabii Kaynaklar Bakanlığına Bakan Danışmanı olarak, 23.09.2008 tarihinde Müsteşar Yardımcısı olarak, 2015 yılında ise Müsteşar (V) olarak atandı. Halen aynı Bakanlıkta Müsteşar Yardımcısı (Ş) kadrosunda bulunmaktadır.

Zafer BENLİ bu görevinin yanı sıra;

-Soma Elektrik Üretim A.Ş. Genel Müdürlüğü “Yönetim Kurulu Üyeliği” (2009-2011),

-Elektrik Üretim A.Ş. Genel Müdürlüğü (EÜAŞ) “Yönetim Kurulu Üyeliği” (2011-2017),

-Türkiye Taşkömürü Kurumu Genel Müdürlüğü (TTK) “Yönetim Kurulu Üyeliği” (2017-2023),

-Eti Maden İşletmeleri Genel Müdürlüğü (Eti Maden) “Yönetim Kurulu Üyeliği” (2023-2024),

-Dünya Enerji Konseyi (WEC) Türkiye “Yönetim Kurulu Üyeliği” (2023-2024),

-Kömür İşletmeleri A.Ş. (KİAŞ) "Yönetim Kurulu Başkanlığı" (2017-2025)

görevlerinde bulunmuştur.

Ayrıca;

-Türkiye Elektrik Sanayi Birliği (TESAB) Yönetim Kurulu Başkanlığı (2023-devam),

-Avrupa Elektrik Sanayi Federasyonu (Eurelectric) “Yönetim Kurullu Üyeliği” (2023-devam),

-Uluslararası Büyük Güç Sistemleri Konseyi (CIGRE) “Yönetim Kurulu Üyeliği” (2023-devam),

-CIGRE Güneydoğu Avrupa Bölgesel Konseyi “Dönem Başkanlığı” (2023),

-CIGRE Türkiye “Ulusal Komite Başkanlığı” (2023-devam),

-Türk Kamu İşletmeleri Birliği (TKİB) “Yönetim Kurulu Başkanlığı” (2023-devam),

-Türkiye Nükleer Enerji A.Ş. “Yönetim Kurulu Başkanlığı” (2024-devam),

-MTA Uluslararası Madencilik A.Ş. Tashkent Mining "Yönetim Kurulu Başkanlığı" (2025-devam) görevleri devam etmektedir.

18.07.2023 tarihinde Elektrik Üretim A.Ş. Genel Müdürü ve Yönetim Kurulu Başkanı olarak atanan Zafer BENLİ evli ve üç çocuk babasıdır.