1968 yılında Sivas’ta doğdu. 1992 yılında Gazi Üniversitesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi Kamu Yönetimi Bölümü’nden mezun oldu. Halen Gazi Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü İş Hukuku ve Sosyal Güvenlik Hukuku Anabilim Dalında yüksek lisans öğrenimine devam etmektedir.

1994 yılında Başbakanlık Devlet Personel Başkanlığında Devlet Personel Uzman Yardımcısı olarak memuriyete başladı. 1997 yılında “Devletin Yeniden Yapılanması” çalışmaları kapsamında kamu yönetimine yeni bir model önerisini de içeren Türkiye’de Merkezi İdarenin Teşkilat ve Görevleri konulu uzmanlık tezini hazırlayarak Devlet Personel Uzmanlığı’na atandı.

2002 yılında Kamu İhale Kurumu’nda, kurumun kuruluş, insan kaynakları, organizasyon ve kamu ihale ikincil mevzuat çalışmalarını başlatmak ve yürütmek üzere görevlendirildi. Bu çalışmaları tamamladıktan sonra aynı yıl Kamu İhale Uzmanı olarak atandı. 2004 yılında İngiltere’de Nottingham Üniversitesinde, 2006 yılında ise İtalya’da Avrupa Birliği ihale uygulamalarına yönelik eğitimlere katıldı. Kamu İhale Kurumuna ihalelere ilişkin olarak yapılan 400’ün üzerinde şikâyeti inceleyerek sonuçlandırdı ve bu kararlar Resmi Gazete’de yayımlandı.

27.09.2007 tarihinde Enerji ve Tabii Kaynaklar Bakanlığına Bakan Danışmanı olarak ve 23.09.2008 tarihinde ise Müsteşar Yardımcısı olarak atandı. Halen aynı Bakanlıkta Müsteşar Yardımcısı (Ş) kadrosunda bulunmaktadır.

Zafer BENLİ bu görevinin yan sıra;

Soma Elektrik Üretim A.Ş. Genel Müdürlüğü “Yönetim Kurulu Üyeliği” (2009-2011),

Elektrik Üretim A.Ş. Genel Müdürlüğü (EÜAŞ) “Yönetim Kurulu Üyeliği” (2011-2017),

Türkiye Taşkömürü Kurumu Genel Müdürlüğü (TTK) “Yönetim Kurulu Üyeliği” (2017-2023),

Kömür İşletmeleri A. Ş. (KİAŞ) Yönetim Kurulu Başkanlığı (2017 Devam),

görevlerinde bulunmuştur.

18.07.2023 tarihinde Elektrik Üretim A.Ş. Genel Müdürü ve Yönetim Kurulu Başkanı olarak atanan Zafer BENLİ evli ve üç çocuk babasıdır.